Para evitar que las fuerzas enemigas aprovecharan cualquier recurso, Belgrano dictó un bando que obligaba a la población a abandonar la ciudad dejando únicamente "campo raso". La rigurosa medida exigía cosechar o quemar los cultivos, destruir las viviendas y enviar los productos comerciales hacia Tucumán, bajo la severa amenaza de fusilar a quienes desobedecieran.
A pesar del impacto de la orden, la mayor parte de los habitantes acató la retirada a partir de los primeros días de agosto, aunque los vecinos más adinerados demoraron su partida pidiendo carretas para trasladar sus pertenencias. De un total de entre 2500 y 3500 habitantes que vivían en la jurisdicción de Jujuy, aproximadamente 1500 personas se unieron al éxodo. Este movimiento masivo reflejó también las profundas divisiones de la época, entre quienes apoyaban la Revolución de Mayo y aquellos que querían mantener la lealtad al sistema virreinal.
Los pobladores jujeños, acompañados por refugiados que escapaban de Tarija y Chichas, iniciaron una penosa travesía de 360 kilómetros hasta Tucumán, recorriendo un trayecto paralelo a la actual Ruta Nacional 34. Con el fin de escapar rápidamente del enemigo, la marcha cubría unos extenuantes 50 kilómetros diarios, lo que representaba el quíntuple de la velocidad recomendada para un traslado de este tipo. Mientras la población avanzaba hacia el oeste, una fuerza irregular de 200 hombres liderada por Díaz Vélez protegía la retaguardia observando los movimientos realistas.
La retirada final de las tropas patriotas se concretó la tarde del 23 de agosto, una vez que la retaguardia llegó a las inmediaciones de la ciudad tras dejar Humahuaca en manos enemigas. Durante esa jornada se arreó todo el ganado restante y se prendió fuego a los campos de cultivo para desabastecer por completo a los invasores. El propio Belgrano fue el último en abandonar la ciudad deshabitada, asegurando que los realistas solo encontraran tierra arrasada a su llegada.
La desesperada estrategia de Belgrano dio sus frutos cuando las avanzadas realistas, comandadas por el coronel Agustín Huici, intentaron cortar la retirada de la columna patriota. El 3 de septiembre de 1812 se produjo el combate de Las Piedras, donde la rápida y decidida reacción de las fuerzas de Díaz Vélez logró una importante victoria. Este triunfo culminó con la captura del propio coronel Huici, frenando el hostigamiento hacia las fuerzas que se retiraban.
