A finales de 1834 y enemistados por la autonomía de Jujuy, estalló una guerra civil entre los gobernadores de Salta y Tucumán. Frente a ello, el gobernador porteño Manuel Vicente Maza envió a mediar al general Facundo Quiroga.
En repetidas ocasiones fue advertido que planeaban matarlo. Durante el viaje fue alertado que los Reinafé, familia a cargo de la provincia de Córdoba, pretendían atentar contra él, pero decidió viajar de todos modos.
No obstante, al llegar a destino se enteró que Latorre estaba muerto y la guerra había terminado. Concentrado en mediar acuerdos entre las provincias del norte argentino, entre ellos la autonomía de Jujuy, volvió a ser avisado de los planes contra él.
El 16 de febrero de 1835, una partida emboscó su carruaje en Barranca Yaco, en el norte de Córdoba, y al asomarse Quiroga por la ventana recibió un tiro en un ojo que terminó con su vida. Tras ello, su cuerpo fue luego tajeado y lanceado, y todos los demás miembros de la comitiva fueron asesinados también, entre los que se encontraba el ex-gobernador de la provincia de San Luis, José Santos Ortiz y un niño.
Antes de recibir el disparo preguntó: "¿Quién manda esta partida?". Se trataba del capitán de milicias cordobés Santos Pérez.